L'italiano Diego Ulissi ha regalato alla sua squadra Lampre-Merida la prima vittoria della giornata nella quinta tappa del Giro d'Italia. Il secondo posto è andato a Cadel Evans (BMC) davanti a Julien Arredondo (Trek).
Da Taranto al traguardo di Viggiano sono stati percorsi più di 200 chilometri. ancora una volta la pioggia si è presentata come compagna dei piloti. Un gruppo in fuga, in cui erano rappresentati anche due tedeschi, Björn Thurau (Europcar) e Fabian Wegmann (Garmin-Sharp), non è rimasto impressionato.
All'inizio il gruppo ha lavorato bene insieme. Tuttavia, il campo, guidato da Orica-GreenEdge e dal leader assoluto Michael Matthews, ha tenuto il gruppo al guinzaglio. Il vantaggio è cresciuto poco più di quattro minuti.
Negli ultimi trenta chilometri il vantaggio diminuì rapidamente. Il 25enne Thurau ha dimostrato di essere una risorsa al vertice. Ha causato la divisione del gruppo più volte ed è stato finalmente catturato a pochi chilometri dal traguardo come l'ultimo fuggitivo rimasto.
Nella discesa verso l'ultima salita, che è stata superata due volte, il manto stradale bagnato ha provocato diverse cadute. Tanto più sorprendente è stato l'avanzamento di Giorgio Brambilla (Omega Pharma-QuickStep), che ha preso un vantaggio di circa mezzo minuto nella salita. Lì, tuttavia, Dani Moreno (Katusha) lo ha seguito. Al suo seguito c'era Arredondo al fianco del suo capitano Joaquin Rodriguez. Tuttavia, entrambi non avevano le gambe che Ulissi ed Evans hanno dimostrato. Entrambi sono partiti in ritardo, con l'italiano che ha chiuso nettamente meglio.
Anche Matthews ha condotto una gara vivace ed è arrivato sesto. Questo posto gli bastava Maglia Rosa Per difendere.